Assassin's Creed se ubica en un futuro próximo, septiembre de 2012 d.C. Desmond Miles , un camarero, es secuestrado por desconocidos y es llevado a las instalaciones de Industrias Abstergo (una empresa farmacéutica cuya especialidad son los antidepresivos), donde investigadores trabajan en un proyecto con una máquina llamada " Animus ". El "Animus" es capaz de extraer recuerdos del ADN del usuario, pasadas de descendiente a descendiente, permitiendo al usuario revivir estos recuerdos como si fuera él mismo. Desmond fue "elegido" para el proyecto debido a su relación con su ancestro Altaïr Ibn La-Ahad (النسر الطائر ابن واحد, el nombre significa en árabe " Águila que vuela " y el apellido " Hijo de nadie "), un miembro de los Hashsha-shin durante la Tercera Cruzada en Tierra Santa. Los investigadores, el Dr. Warren Vidic y su asistente Lucy Stillman , muestran interés en algo que...